与无名岛未被命名的事实相比，岛屿不断的消失及其生态系统遭到严重破坏的问题则显得更为严峻。与陆地相比，海岛面积狭小，地理环境独特，生态脆弱。从已经开发利用的海岛，特别是无居民海岛来看，普遍缺少规划，开发的随意性很大。一些有居民海岛不顾资源环境条件，盲目上项目，追求人口规模；一些地方随意在海岛上开采石料、破坏植被，损害了自然资源，严重的甚至导致崩塌等灾害发生；一些地方随意改变海岛海岸线，破坏了海岛及其周围海域的生态；一些地方不合理地建造海岸工程和挖砂，使海岛岸滩遭受严重侵蚀；一些单位任意在海岛上倾倒垃圾和有毒有害废物，把海岛变成了垃圾场；一些地方滥捕、滥采海岛上的珍稀生物资源。海岛生态系统急剧恶化。近年来，炸岛炸礁、填海连岛等严重改变海岛地形、地貌的事件时有发生，致使海岛数量不断减少。在沿海岛屿分布区建设一个港口、电厂或者其他工业项目，可以围填掉几个、甚至几十个小岛，把海岛变成陆地，致使珍贵的海岛灭失。更为严重的是，为了建筑或者填海取材，将一个个海岛成片炸掉的事件屡屡发生。资料显示，20世纪90年代以来，福建省海岛消失了83个，减少了6%；辽宁省海岛消失48个，减少数量占海岛总数的18%；河北省海岛消失了60个，减少了46%；海南省海岛消失了51个，减少了22%。

“在其他一些国家潜心‘造岛’的时候，我们的不少岛屿却因随意性的开发利用而不断消失。”长期从事海洋测量研究的海军航保部部长李鹏程对海岛无比忧虑，“甚至部分领海基点海岛因侵蚀等原因也面临灭失的危险。根据《联合国海洋法公约》，领海从领海基线算起，有12海里的领海，再12海里的毗连区。领海基线是以靠近本国的岛屿为基点，很多情况下都在无人岛上。如果这些无人岛被破坏或消失了，那我们这条领海基线就没地方找了。《海岛保护法》的颁布将遏制无序、无度、无偿开发无居民海岛的‘三无’局面，有效保护海洋权益，维护我国领土完整。”李鹏程说。

规定了无居民海岛属于国家的意义是非常重要的。

《海岛保护法》在制定过程中需要解决的最为核心的一个问题就是无居民海岛的权属问题。长期以来，一些单位和个人将无居民海岛视为无主地，随意占用、使用、买卖和出让。有一些海岛被部门或者单位违法占有，海岛上私搭乱建情况普遍，其他人甚至管理人员登岛受到阻挠，影响国家正常的科学调查、研究、监测和执法管理活动，滋生违法乱纪行为，成为当地社会治安的隐患。无居民海岛开发利用秩序混乱，不仅造成海岛生态破坏严重，也造成国有资源性资产的流失。

作为赞同“无居民海岛属于国家所有，国务院代表国家行使无居民海岛所有权”规定的全国人大代表刘晓武认为：“无居民海岛归为国有，才能对其进行有效的管理和保护。”但是，也有不同意见。在草案审议过程中，有的常委会委员和地方提出，目前有些沿海地方政府依据森林法规定的确权程序，已经将一些无居民海岛上的林地确认为集体所有，建议对此予以考虑。

2009年11月中旬，全国人大法律委员会、全国人大常委会法制工作委员会组织调研组开赴宁波、青岛，对该问题进行了专题调研。调研组发现，宁波市下属的沿海县级政府，自20世纪80年代以来，将118个离陆地或者有居民海岛较近的无居民海岛上的林地确认为临近的乡、村民集体所有，并发放了林权证，涉及林地面积2100多公顷；青岛市则表示，2003年，黄岛区政府也把两个海岛的林地确权给了临近的村集体，面积分别为8公顷、2.3公顷。这两个市人大常委会制定的“本市无居民海岛管理条例”都规定：无居民海岛属于国家所有，但是已依法确定属于集体所有的土地除外。为此，宁波、青岛两市人大常委会和政府有关负责人建议海岛保护法能开个“口子”，将此前根据森林法确权的集体林地，作为历史遗留问题处理，仍然归农民集体所有，否则涉及对农民的征地补偿等问题。

最后，这个对集体的“口子”还是没有开。对于这其中的法理原因，黄建初主任给了一个详细的解答：“多数专家都赞成无居民海岛属于国家所有，国务院代表国家行使无居民海岛所有权。专家的理由主要有六点。第一，根据我国宪法第九条规定，矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂等自然资源，都属于国家所有，即全民所有；由法律规定属于集体所有的森林和山岭、草原、荒地、滩涂除外。也就是说，除法律规定的以上五种自然资源属于集体所有之外，其他自然资源均属于国家所有。有的专家分析，从广义上讲，无居民海岛可以被看作是荒地。第二个理由是，有一些物权法的专家认为，《物权法》第46条规定，矿藏、水流、海域属于国家所有；同时，《海域使用法》也规定，海域是包括了海床和底土。那么我们可以把一些无人居住海岛看成是一些不规则的底土向水面的延伸。第三，从宪法第九条中所说的‘由法律规定属于集体所有的森林和山岭、草原、荒地、滩涂除外’中可以看到，即使存在这些属于集体所有不属于国家所有的自然资源，但是，必须是‘由法律规定’的；但是，目前并不存在规定无居民海岛属于集体所有的这样的法律。第四点，无居民海岛无人占领的这个事实就决定了无人居住海岛的国家所有性质。因为从我们国家关于自然资源的权属问题一贯坚持的原则来看，无人占有的财产基本都定性为国家所有。第五点，有的专家认为，无居民海岛等同于大陆上的山岭，它也可以称为一个自然资源的结合体。所以，根据宪法第九条的规定，可把无人居住海岛视同山岭处理。第六点，最后，大家形成了一个共识，无居民海岛属于国家所有，实际上指的就是无居民海岛上的自然资源属于国家所有。”