《南极条约》第一条第一款中关于“军事基地”含义的理解也是一个值得研究的问题。《南极条约》第一条第一款特别禁止在南极建立军事基地，并且把军事基地引证来作为具有军事性质的一个代表性例子。然而在南极有几个基地都是由当事国的武装部队建设并且管理的。如智利目前的两个军事基地爱德华多•弗雷空军基地和奥希金斯陆军基地目前运转正常，前不久为了应对由英国掀起的新一轮“南极圈地”运动，智利决定重新启用由于预算不足而于2002年关闭的阿图罗•普拉特海军基地。很明显这些军事基地的建立与存在是与《南极条约》非军事化相矛盾的，但当事国却依据《南极条约》第一条第二款中允许在南极使用军事人员和军事设备为科学研究和其他和平目的服务的规定，辩解说这些基地是为了和平目的服务的。然而，这些说辞却并不能让人信服，因为在这一条款中没有明确提到为科学研究和其他和平目的服务而使用的军事人员或军事装备中包括可以建立和使用军事基地。因此，这些军事基地的存在使得南极的非军事化面临着现实的挑战。

关于《南极条约》的适用范围对南极地区的非军事化的讨论也是很有意义的。《南极条约》第六条规定“本条约的规定应适用于南纬60°以南的地区，包括一切冰架；但本条约的规定不应损害或在任何方面影响任何一个国家在该地区内根据国际法所享有的对公海的权利或行使这些权利。”这说明南极条约各条款适用于南纬60°以南地区，包括冰架在内，但是却保留了公海上的自由。这样问题就出现了，南极非军事化的“和平目的”是否也适用于南纬60°以南的公海呢？换句话说在南纬60°以南的公海进行军事活动是否违反《南极条约》的相关规定呢？这一问题条约中并未有明确的规定，而一些国家正是抓住南极条约的这一条款的模糊规定，在南纬60°以南公海区域进行军事活动，为其主权要求提供支持。如英国在马岛战争结束后，还在该群岛保持了相当数量的驻军，其舰艇就经常游弋于南极水域，进行具有威慑效果的军事演习，从而直接威胁南极非军事化原则。

事实上，在南极活动的任何国家都可以通过实地观测极端寒冷的气候对人、机器、一些药物、特别是飞机的影响，从而获得非常有用的军事知识和数据。

南极特殊的地理环境和气候条件使得对南极的各项活动都具有非常重要的军事价值。因为战争的爆发是没有时间和地点限制的，而取得在南极特殊的地理和气候条件下活动的经验无疑具有非常重要的军事意义。美国在这方面的活动可谓历史悠久，从1946年在南极进行了规模空前的“跃进行动”（Operation Highjump），到不久前美国的C-17“环球霸王”战略运输机完成了飞往南极的“深冻-2007”飞行任务。尽管美国对外宣称这是为了科学考察，以及给南极的后勤提供保障，而实际上其目的是训练军事人员在极寒条件下的作战能力，并且检验在南极特殊环境条件下军事装备，尤其是飞机的工作情况。事实上，在南极活动的任何国家都可以通过实地观测极端寒冷的气候对人、机器、一些药物、特别是飞机的影响，从而获得非常有用的军事知识和数据。此外，在南极进行的破冰试验和在海冰上建设飞机场跑道的经验同样具有军事意义。在冰雪覆盖的南极大陆建设大规模的机场，为各国的大型军用运输机在南极长期的飞行提供了可能。美国的“大力神”运输机和俄罗斯的“伊尔-76”运输机就经常“光顾”南极。前不久俄罗斯第一副总理伊万诺夫表示，俄罗斯将会继续优先关注极地科研工作。他认为，俄罗斯将会成为南极的空运垄断者。