美国对南中国海问题的介入、渗透不仅表现在其立场和态度的变化，而且体现在军事上渗透和干预力度的不断加强。

首先，为强化对南中国海的控制，美国在提升菲律宾等传统盟友国地位的同时，促进与马来西亚、新加坡以及越南的军事合作关系，加强了在军事上重返东南亚的工作。

1998年底发表的《东亚—太平洋地区安全战略报告》明确指出，美国在布局上继续将亚太地区作为全球战略的重点，以美日同盟为亚太安全战略基石，进一步重视并扩大与菲、泰等盟国的安全合作关，加强与东盟国家在军事互访、联合演习、后勤支援、军事培训及军售等领域的合作，努力提高美军在东南亚地区对危机做出反应的能力。

1998年1月，美菲两国签署了《访问部队协定》，使以联合军事演习和军舰访问为基本内容的双边军事交往得以恢复，根据此协议，美国和菲律宾的“肩并肩”联合军事演习连续举行了数次。

新加坡政府于1998年宣布，将允许美军太平洋舰队使用正在建设中的樟宜海军基地，该基地能够停靠包括核动力潜艇在内的所有现代化军舰。1999年11月，美新达成军事准入协议，允许美国航母从2000年起使用新加坡樟宜海军基地。美国还与马来西亚达成了“开放天空”协议，与文莱达成了“允许美军舰队进入辖区”协议等。近年来，美国政府高层官员和军界要员还先后赴东南亚访问，商讨军事合作，美国还先后与新、马、菲、文、泰、印尼、澳等国家达成协议，使美军舰机有权进入上述国家的基地和港口进行维修、补给，从而逐步完善了美军在该地区军事基地的作战和后勤保障体系。在菲律宾总统埃斯特拉达2000年访美期间，美国政府同意帮助菲律宾海陆空三军实现现代化，并计划3年内向菲提供7亿美元的军事援助，而菲则同意美在其孤岛秘密兴建后勤基地，同意美军在紧急状态下使用菲北部的克拉克和苏比克军事基地。

2001年3月，美国“小鹰”号航母进驻新加坡樟宜军事基地，标志着美军自1992年撤出菲律宾苏比克湾以来，开始重返东南亚。同时，美国还多次与泰国和越南协商使用在泰国南暹罗湾和越南金兰湾的军事基地。2001年中美撞机事件发生后，美国国防部赞助的一项研究报告称，美国需要在菲律宾重新驻军，并把军力由日本冲绳转移到更接近台湾海峡的琉球南方岛屿，以便台海一旦出现危机时美军可利用就近港口及机场支援台湾。

2002年底以来，美菲双方先后签署了多项军事协定。美国还先后与马来西亚、新加坡、泰国和越南等国的军政高层进行了会晤和互访，就军事援助、基地租用、反恐合作、武器采购以及长期合作计划等事宜进行了协商。此外，美还继续对东盟国家进行大量的军事援助。2003年10月，美国航空母舰“尼米兹”号进入南中国海域活动。美国海军11月访问了越南金兰湾。有迹象表明，美国可能租借这个具有重要战略意义的军港。

其次，美国与菲、泰、马、新等东盟国家和印、日、澳等区外大国频繁在南海地区举行各种类型的联合军事演习，参加演习的国家越来越多，规模不断扩大。

1999年，美国与东南亚有关国家共举行了14次联合军事演习，2000年增至16次，连创90年代以来双边军事演习记录的新高。2000年，美国同南海周边国家进行了美菲“肩并肩2000”、美泰新“金色眼镜蛇2000”、美国与东盟国家“卡拉特2000”等重要联合军事演习。2000年5月底至7月初，美又与英、澳、加、智、日、韩举行“环太平洋—2000”大规模海上联合军事演习，其规模是1971年以来最大的一次。接着，美国首次派核潜艇与泰、新、文、菲、马、印尼等东盟国家举行了卡拉特军事演习。2001年1月，美菲再次举行“肩并肩2001”联合军事演习。2001年3月，美、菲、泰在菲律宾吕宋岛举行小型联合军事演习。除举行海上军事演习外，2001年5月，美、新、泰三国还举行了海上及陆地丛林联合军事演习。2003年，菲军与美军先后举行了以支援南沙作战为背景“肩并肩2003”及“卡拉特2003”等联合演习。

再次，美国还加强了对南中国海地区的航空侦察和海洋测量活动。近年来，美国每年出动数百架次ＲＣ-135型高空电子侦察机和Ｐ-3Ｃ型反潜巡逻机及测量船赴南中国海地区，以搜集该水域的水文、地质、海洋生态及我军部署和调动等战备资料。2001年4月1日发生的中美撞机事件也正是在这种背景下发生的。