而这位“罕见的”束星北，后来却不见了，像是一颗彗星倏然消逝。

李政道把束星北看作自己的“启蒙光源”，他在为刘海军著的《束星北档案》书序中感喟地写道：“束老师后半生的遭遇，让我心里很难过。科学的基础是人类的创造力，它追求的目标是真理和真理的普遍性。束老师为了追求真理，争取科学研究和教育年轻人的机会，竟会付出如此大的代价！”

束星北先是成为历史反革命，到了反右运动中，尽管持论中正且十分理性，但仍被打成极右派，下放到水库工地劳动改造。生活上的艰难他不以为然。最令他苦恼的是，以科学家严谨的逻辑思维，他很难明白自己的错误到底在哪里。

改造结束后，六十年代初，他到了青岛医学院，做清洁工，当事者回忆这个时期他的表现：“他像个机器人，上面说什么他就干好什么，他打扫过的走廊房间一尘不染，他刷过的试管、烧杯、注射器一定比新买的还要干净得多。”

后来他主动要求包下全校所有厕所，似乎在此找到了改造自己世界观的途径。而即使这么一种性质的劳动，仍然无法阻遏科学家本性的流露，他在打扫厕所时研究如何改进清污，试图找出更好的去垢方法。有个时期打扫完后，他就躲在一边清点有多少人使用，别人不解其意、难免有种种猜测。他女儿后来对传记作者说：“父亲肯定是在统计，以便找出清洗厕所与使用厕所的规定性的东西，他做事一定要有目的，即使在人家看来是很荒唐的事情。”

到了文革后期，他已被改造成一个与从前完全不同的人，他的朋友“五花八门，干什么的都有，可是最好最近的还是那些看洗澡堂的、烧锅炉的、拉大车的、刷茅房的”，“他们和他下棋、打牌、喝酒、谈家庭私事、谈藏在心底的秘密，家里来了亲朋好友，他常常被拉去陪客。有的人家有了红白喜事，也将他请去帮着张罗张罗。”他甚至反对女儿考大学，担心她读了书与自己丈夫的思想距离拉大，乃至可能导致家庭破裂。

束星北像个巨大的章鱼，除去自己的“专业”还将吸盘伸向所有能够触及到的地方：死光（激光）、无人驾驶飞机、雷达（中国第一台雷达便出自他手）、袖珍发报机等等，他都潜心研究过，有些限于条件没能进行下去，有的出了阶段性成果、有的竟也在极简陋的条件下取得了成功。这说明束星北不但有理论，也有动手能力。

程开甲认为，束星北科学素养与天分是毋庸置疑的，他的思想与认识直到今天仍在发挥着作用，很多见解在今天的实践过程中被证明是正确的。只是“由于历史条件和机遇的原因，没能显示出来，这是十分令人惋惜的。”