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有一个问题是：人类想要得到的那些甲烷时储存在脆弱的晶体之中、深埋于地下的，开采它们是否安全？从经济上考虑是否可行？

到目前为止，有两种方法被认为是比较合理的从天然气水合物中提取甲烷的方法。方法之一是解压缩——在天然气水合物的外面钻一个空洞，使甲烷可以从天然气水合物中分离出来；方法之二是加热——用蒸汽或热水来加热天然气水合物，从而达到释放甲烷的目的。

2002年，加拿大、美国、日本、印度和德国的考察者们对这两种方法进行了实地测试，他们在加拿大北极地区的马更些河三角洲地区选择了测试地点。两种方法都取得了成功，但加热法的能量消耗甚至超过了从释放的甲烷中获得的能量，得不偿失。加热法在经济上的劣势使解压缩法看起来更具吸引力。

2008年3月，由加拿大地质调查局的斯科特•达利摩带领的团队使用解压缩法，历经6天时间，从2002年测试地点下方1千米处获得了2万立方米的甲烷气体。2007年，韩国从日本海的Ulleung盆地的天然气水合物中提取甲烷，使用的也是解压缩法。韩国官员认为，Ulleung盆地的天然气水合物储备可以在30年内满足本国对天然气的需求，他们已确定了2015年的全面开采计划。同时开始动作的还有日本。日本本国的石化资源储备十分有限，现在他们已经在本州岛东南发现了50万亿立方米的天然气水合物，足够满足日本未来几个世纪内对天然气的需求。2008年，日本内阁正式宣布将于2016年全面开采天然气水合物。

除此之外，另外一种提取方法也引起了人们的注意。其他气体同样能形成笼形水合物，因此可以把这些气体注入笼形物晶体的孔隙之中，来替换甲烷。二氧化碳是用来替换甲烷的理想气体。与天然气水合物相比，二氧化碳笼形水合物的结构更加稳定。如果可以把二氧化碳储存在地下或海底的笼形水合物中，无疑对减少大气中的二氧化碳大为有利。

替换技术已经在实验室里得到证明。位于得克萨斯州休斯敦的能源公司科诺科—菲利普斯参与了这项实验。研究人员将二氧化碳注入人工制造的天然气水合物，替换了原先的甲烷气体；替换过程进行得相当迅速，而且没有破坏水合物的结构。研究者表示，这是目前发现的最安全的提取甲烷的方法。科诺科—菲利普斯计划在2010年1月进行实地试验。届时，研究者会将液态二氧化碳注入阿拉斯加北坡的天然气水合物中。这种方法既可安全获得甲烷，还具有环境效益——笼形水合物中储存了二氧化碳，发挥了碳吸收池的作用。