合作阶段

1993年是马来西亚和南极条约协商国组织关系的转折点。马来西亚逐渐转向肯定南极条约体系的进步价值，强调它的挑战是针对南极条约体系整体而不是直接针对南极条约协商国。这一转变与环保议定书的通过和南极条约协商国组织扩大了与联合国特别机构的合作不无关系。南极条约协商国的这些措施使马来西亚看到了南极条约协商国保护南极环境的良好意愿。

1994年南极条约协商国组织和挑战国家达成共识，关于“南极问题”的联合国决议获得了一致同意的结果。马来西亚认为这一结果意味着南极正在向着“人类共同财产”的方向发展，但是南极条约协商国组织却有不同理解。此外，马来西亚把环保议定书视为保护南极环境，使之不受日益增长的环境污染威胁的有效机制。在保护南极环境方面的共识，为此后双方的建设性合作提供了前提。

1996年南极条约协商国组织与挑战国家之间的关系已得到逐步改善，但是马来西亚对南极条约体系内存在的法律责任不明确和南极旅游管理不完善等问题仍持批评态度。1998年1月14日，环保议定书在经过7年协商之后开始生效。马来西亚对此表示欢迎，同时对联合国环境规划署一直参与南极条约协商会议感到满意。也许更能表明马来西亚南极立场转变的是在联合国大会上马来西亚代表的发言，“我们希望将来能更加紧密地和更有建设性地同南极条约协商国组织的有关国家进行合作”。

在卸任之前的2002年2月，一直热衷于南极事务的马哈蒂尔总理和他的高级部长们以及70多位马来西亚国民乘坐南极旅游船对南极半岛进行了为期6天的参观和考察。马哈蒂尔在南极半岛上度过了农历新年，并通过卫星电话向马来西亚人民描述了这一“神奇大陆”的美丽。这一次旅行使马哈蒂尔成为仅有的几个参观过南极大陆的政府首脑之一。同时也标志着马来西亚真正踏上南极大陆，对南极进行实质性研究阶段已经到来。由于这一行人包括马来西亚的外交部长、国防部长和科学与技术部长，使得此次旅行不但具有重要的象征性意义，而且还有着高度的政治含义。此后，马来西亚逐渐改变了对南极条约体系一贯批评的态度，南极条约协商国组织也加强了同马来西亚在南极问题上的沟通与合作，2002年马来西亚被邀请作为观察员参加了在波兰华沙举行的第25届南极条约协商会议。

自被邀请参加了南极条约协商会议以来，马来西亚逐步增加了其南极科学研究的投入，设立了马来西亚南极研究项目委员会，扩大了与南极条约协商国之间的合作，其南极政策也开始向着外交与科学研究相结合的方向发展。2005年马来西亚的政策转向表现的最为明显，马来西亚代表向联合国大会的第一委员会提交修正案，建议将南极问题排除在联大议程之外。同年联合国大会通过60/47决议，决定不再将南极问题作为联大议程之一，这标志着联合国对“南极问题”讨论的终结。作为回报，南极条约协商国邀请马来西亚作为观察员“观察”了从2005年到2008年连续四届的南极条约协商会议。2008年在乌克兰基辅举行的第31次南极条约协商会议上，马来西亚表示已经采取了加入《南极条约》的具体步骤，确认马来西亚议会已经修正了至少18部涉及本国加入《南极条约》的国内法律，并指出一部关于马来西亚加入《南极条约》的特别法案有可能通过，这些措施为马来西亚加入《南极条约》扫清了法律上的障碍。作为欢迎马来西亚加入南极条约体系的具体措施，在这次协商会议发表的最后公报中正式邀请马来西亚作为观察员参加2009年4月在美国巴尔的摩举行的第32届南极条约协商会议。

马来西亚与南极条约协商国采取合作态度以来，其南极政策逐步走向成熟，除了积极利用其他国家的南极考察站和后勤设备进行广泛的南极科学研究外，还与南极科学研究委员会建立了协作关系，这些举措增强了马来西亚在南极事务中的“话语权”。在2007年召开的第三届马来西亚国际南极研讨会上，马来西亚和许多南极条约协商国成员签订了谅解备忘录，借用这些国家的南极考察站开展科学研究工作。此外，在2007—2008年国际极地年期间，马来西亚申请的科研项目也达到了7项之多，其中在南极微生物研究方面与南极研究科学委员（SCAR）会密切合作，取得了重要成果。同时，马来西亚政府也逐步加大了对本国南极科学研究的支持力度，在其第9个五年计划中制定了雄心勃勃的南极计划，计划投入巨资用于建立南极考察基地的可行性研究，并试图成为南极条约协商国组织的一员。2009年3月，马来西亚举行第四届马来西亚国际南极研讨会，讨论国际极地年的南极遗产问题，多个南极条约协商国和国际组织将参与此次会议。相信随着马来西亚南极科学研究的深入，马来西亚对南极事务将会有越来越大的“发言权”。