既然取道海上，那么决定海运航线问题则是攸关生死的选择。除了前面我们所述的在二人做海盗时所探寻的海上路线，终元一朝，在朱张二人主政海运时期有三条最主要的海上航线，但其中最主要的前两条是朱、张二人所开辟，依据史书记载，其航线依次是：

第一条即朱清、张瑄于至元十九年（1282）初次海运时所辟的：“初，海运之道，自刘家港入海，经扬州路通洲海门县黄连沙头、万里长滩开洋，沿山屿而行，抵淮安路盐城县，历西海洲、海宁府东海县、密州、胶州界，放灵山洋投东北，行月余始抵成山。计其水程，自上海至扬村码头，凡一万三千三百五十里。”虽然这条航线浅滩多，行船危险，船逆季风而行程较慢，每趟需耗时约2个月，但它的意义在于通过这次海运，基本上确立元朝初期海运的海上航线，在以后的10年间，基本上是沿着这条路线进行海运的。

第二条从至元二十二年（1292），朱清、张瑄等认为第一条路线形成险恶，计划开辟第二条航运路线，“自刘家港开洋，至撑脚沙转沙嘴，至三洋、洋子江、过扁担沙、大洪，又过万里长滩，放大洋至青水洋，又经黑水洋至成山，过刘岛，至芝罘、沙门二岛，放莱州大洋，抵界河口”。这条航线多采用直线，航程缩短，绕过了沿岸的沙滩航行大洋，便于赶风选向，约半月可达，因而时间短。

历史意义

元朝创行海运，朱清与张瑄通过海运，每年运抵大都的粮食从“岁运四万余石，后累增及二百万石，今增至三百余万石，春夏分二运至。舟行风信有时，自浙西不旬日而达于京师，内外官府大小吏士，至于细民无不仰给于此。” 至少在元初，元朝通过海运的方式缓解了北方粮食不足的问题。其中，朱清、张瑄二人功不可没。虽然在海运过程中，朱张二人垄断海运，贿赂当权达官贵人，为民间也造成了极度苦难，不久即身遭诛夷，赀产籍没，然而，就当时的历史条件来讲，这一方式，无疑是最有效的选择，我们无法抹杀朱清、张瑄二人的历史功绩。

元代海运的开通，除了为北方提供了充足的粮食，若从全局考量，更为至关重要的一点即是通过海运，打通了南北海路交通。宋元时代，中国商业资本开始日益发达，全国经济中心由北向南转移，但南北经济已经融为一体，海运在这一时代开通，正深刻地表现了当时中国商业资本对于统一国家的要求，也可以看出宋元时代中国南北经济关系的密切，已渐趋成为一个整体。

到13世纪末期，因台风等恶劣气候造成沉船，海运一途受阻，代替海运的京杭大运河的开通以另一种方式从水路为北方保证了粮食的供应。