威廉•布莱是第二个卓有远见地绘制了大堡礁礁体地图的航海者。1792年9月，在从塔希提岛到西印度群岛的航程中，布莱花费了2个星期的时间在托勒斯海峡绘制航海图。也就是在4年之前，当悉尼建立了英国的罪犯流放地之后，人们便发现了一条通过海峡西部穿越海峡抵达阿拉弗拉海的可靠航线，并且以海峡西部的内部通道为基础建立起了与亚洲的联系。

1793年，班普顿船长和奥特驾驶“霍姆兹尔”和“切斯特菲尔德”号船在大堡礁的托勒斯海峡部分进行了进一步的调查。而其随后的几十年，是对北澳大利亚海域调查蜂拥而起的时期，这些调查通常都由小型船只执行，调查的目标主要是为了改进军事用途的航海图质量，也为之后人类在此海域的海洋经济资源开发和科学探索奠定了一定的基础。

在1801年到1803年之间，马修•弗林德斯完成了具有里程碑性质的调查任务。他对整个澳大利亚的海岸进行了调查，并且亲自踏上了其中一个位点的土地（他称之为“广阔的堡礁”）。正是弗林德斯在人们开始使用声波测量海水深度之前，通过驾驶着小船航行，在海图上绘制出了安全的航道。这条航道目前仍被称为“弗林德斯”航道。

1817年，航道测量专家菲利普•帕克•金指挥着“美人鱼”号船，以及1820年他指挥着“巴瑟斯特”号，首次执行了井井有条的测量任务，对大堡礁北部礁体的大部分进行了精确而详尽的绘图。

今天，人们对大堡礁的研究都是在一个更为密切的层面上展开的，比方说，对礁体的组成进行检查；调查生物种类的构成；研究生命体如何生活及相互作用和影响；探讨生命体是否对环境改变敏感或脆弱等。然而，由于已经在大堡礁附近海域发现了历史上的30多艘沉船，人们仍然笃信发现大堡礁的具体时代应当更为久远。

今天的大堡礁

大堡礁绵亘于澳大利亚的东北部海岸，在昆士兰沿岸绵延2300余千米。大堡礁海洋公园的面积为345000平方千米，比英国和爱尔兰的面积之和还要大。大堡礁包括有2900个礁体，大约940个岛屿和砂礁。

大堡礁是世界上超过三分之一的软珊瑚大本营，拥有超过1500种鱼类和全世界7种海龟中的6个种类。在大堡礁生活有1500种不同的鱼类，359种硬质珊瑚，占世界三分之一的软质珊瑚，175种鸟类，全世界7种生存受到威胁的海龟中的6种，超过30中海洋哺乳动物，其中包括脆弱的儒艮。在这些令人震惊的海洋生物之外，还有5000～8000种软体动物和数千种不同的海绵、蠕虫和甲壳类动物；800种棘皮动物（海星、海胆）。

大堡礁育有400多种珊瑚，是全世界海域内已发现的最大的珊瑚组成物。珊瑚礁是世上唯一一种在本质上属生物性的地质构造单元，它由无数珊瑚虫所组成。与珊瑚虫共生的动物海藻是一种光敏海藻，可以促进其宿主珊瑚虫钙质骨骼的发展。

大堡礁一直被看作是一片受到了良好保护且原始风貌保持良好的“人间仙境”。但是，随着科学家逐渐揭开了大堡礁的神秘面纱，一幅完全不同的图景却渐渐地呈现了出来——过度捕捞、陆源污染因全球变暖而日渐恶化的珊瑚白化现象都对这一自然财富造成了恶劣的影响。

除了气候变暖的因素之外，大堡礁还受到了哪些威胁呢？

在过去的150年当中，由于下游区域畜牧和庄稼种植面积增大以及当地植被和湿地不断减少的影响，从陆地流向大堡礁海洋公园的陆源物质，在该区域的沉积数量已经翻了四番；大堡礁的礁体已经经历了两次白化事件，一次在1998年，一次在2002年，2002年的那一次白化事件更为严重，航空遥测的结果表明几乎60%的珊瑚礁在某种程度上发生了白化；不仅珊瑚礁体承受了高水平的捕捞压力，其他的一些捕鱼活动，比如为了捕捞对虾而实施的海底拖网至今在海洋公园一半以上的区域都是被允许的，这致使许多非目标鱼类被捕获，同时也对海底造成了损害。

人们已经注意到必须开始采取措施来保护大堡礁的紧急措施。1981年，因其独特而重要的自然价值，大堡礁被联合国教科文组织列入世界自然遗产名录。但是直到现在，这里仍仅有4.6%受到了完全的保护。在公众运动和来自世界自然基金会的压力干预下，澳大利亚政府已经承诺开展计划对大堡礁33%的区域进行保护。大堡礁海洋公园功能区划于2004年完成，其最大的特点是一个从公园的最北端延伸至最南端边界的海洋禁捕区网络。这是世界上最大的海洋禁捕区网络，覆盖了这座海洋公园三分之一的面积，保护着超过1.1千万公顷面积的海域。

科学家已经在大堡礁海洋公园中区分出了70种不同的生物分区，代表了其中所有植物和动物的生活范围。为了保持生态系统的健康和修复能力，以及保护这里的生物多样性，科学家为每个分区都设置了渔捕的百分比限额。