出于种种原因，在朝廷的眼中，双屿岛上的商人们都变成了“倭寇”。嘉靖二十六年（1547年），朝廷任命朱纨为浙江巡抚兼福建军务提督，前往双屿岛剿灭这些“倭寇”。朱纨率大军迅速捣毁了双屿岛，圆满完成了朝廷交给他的使命。从此，这个“16世纪的上海”、国际贸易中心、五百年前的自由贸易区成为茫茫大海中的一个简单的地理概念，退出了世界经济的舞台。

不过，双屿之所以能够从两座荒岛，摇身一变而成为当时远东最大的贸易走私基地，还得“归功于”朱元璋的“海禁政策”。

明朝立国后，蒙元残余势力仍不断骚扰北方边境，朱元璋为防止腹背受敌，对曾活跃于浙江沿海的义军方国珍余部实行肃清，将舟山群岛和沿海诸岛的居民迁入内陆，规定“片板不能入海”，严禁海边居民与海外商船进行交易，甚至“禁民入海捕鱼”。这一消极措施导致沿海居民生计无着，经济“内陆化”，大量民众只好逃到海上诸岛，不少人干脆参与了走私。

此后100余年中，“海禁令”一再发布，但海上贸易实则难以禁止。此时，江南的资本主义萌芽已经出现，大量国内商品要寻找海外市场。江南的官僚士绅即与所谓的“海盗”联手，展开国际贸易。据记载，为了对抗政府的镇压和海盗的侵扰，他们拥有自己的武装，甚至装备了葡萄牙火炮。

执着于海上贸易的葡萄牙人，在被赶出了双屿岛之后，便南迁到了福建沿海的浯屿港、月港，而漳州附近则成了新的贸易中心。据记载，贸易中心转到漳州附近之后，葡萄牙人带来了大量便宜的胡椒、象牙、苏木等，又以高出几倍的价格收购当地人的“米面猪鸡”，以维持日常生活。

然而，明朝闭关锁国的海禁政策极其坚决，于是广东珠江口成为了葡萄牙人的又一个新的落脚之所。当时负责广东沿海防务的都指挥使黄庆，收受了葡萄牙人的贿赂，允许葡萄牙商人在一个叫“濠镜”的地方安顿下来，经商贸易。而这个濠镜，就是今天的澳门。

因海禁而蒙羞的明代海上贸易

“寇与商同是人，市通则倭转为商，市禁则商转为寇。始之禁禁商，后之禁禁寇，禁越严而寇愈盛。片板不许下海，艨艟巨舰反蔽江而来；寸货不许入番，子女玉帛恒满载而去。”

明末清初私人海上贸易是在违反朝廷海禁政策的背景下进行的，因此具有商人和海盗的双重性。海禁松时，从事正常商业贸易；海禁严时，是政府打击对象，转商为盗。

亦商亦盗式武装走私贸易不仅是明王朝海禁政策的产物，也是当时国际国内贸易形势使然。就国际而言，国际海盗横行，确有武装自卫之必要；就国内而言，各个海商集团都有独霸制海权、垄断贸易之奢望。

“华夷同体，有无相通，实理之所必然。中国与夷，各擅土产，故贸易难绝，利之所在，人必趋之”。

中外贸易商在东南亚地区用中国的瓷器、货金、铁鼎、乌船、五色琉璃珠、铁针等交换当地的黄蜡、吉贝、真珠、玳瑁、槟榔等土产。这种交易不仅为国人带来利益，也极受外国商人和消费者欢迎。日本诸岛是私人海商的主要贸易地区，日本是中国生丝及各种纺织品、日用品的主要市场。生丝价格在国内约每担60银两，到日本便可卖到五六百银两，毛利达十倍。从日本输入中国的主要是金银、琥珀、水晶、硫磺、水银、铜铁、白珠、青玉、苏木、胡椒以及土产、海货等。

“杭城歇客之家，明知海贼，贪其厚利，任其堆货，且为之打点护送，如铜钱用以铸铳，铅以为弹，硝以为火药，铁以制刀枪，皮以制甲，及布帛、丝棉、油麻等物，大船装送，关津略不盘讯，明送资贼，继以酒米”，“或馈时鲜，或馈酒米，或献子女，甚至边卫官有投以红袍玉带者”。