左宗棠在向清廷递交的主张设厂造船，创办福建船政局的奏折中，又从海防、商业、民生和漕运四个方面论述了“非设局急造轮船不为功”的理由，而其中最主要的目的是反对外国的侵略。他把列强的侵略称为“海害”。左宗棠指出：“自海上用兵以来，泰西各国火轮兵船直达天津，藩篱竟成虚设，星驰飚举，无足当之。……臣愚以为欲防海之害而收其利，非整理水师不可，欲整理水师，非设局监造轮船不可。”他分析了当时的形势，认为不但西洋各国“互相师法，制作日精”，就是岛国日本也开始起步，“不数年后，东洋轮船亦必有成”。在强权的国际社会中，落后就要挨打。左宗棠形象地比喻说：“譬犹渡河，人操舟而我结筏；譬犹使马，人跨骏而我骑驴，可乎？”

在出任闽浙总督后，左宗棠积极提出了设厂造船的主张并付诸实施。他指出：“臣于闽浙总督任内请易购雇为制造，实以西洋各国恃其船炮横行海上，每以其所有傲我所无，不得不师其长以制之。”“自海上用兵以来，泰西诸邦以机器、轮船横行海上，英、法、俄、德又各以炮船互相矜耀，日竞其鲸吞蚕食之谋，乘虚蹈暇，无所不至。此时而言自强之策，又非师远人之长，还以治之不可。”左宗棠在其设厂造船的主张中，还特别强调自主权的重要性。他指出：“因思自强之道，宜求诸己，不可求诸人，求人者制于人，求己者操之己。”“必欲自造轮船者，欲得其造轮机之法，为中国永远之利。”“习造轮船，非为造轮船也，欲尽其制造、驾驶之术耳；非徒求一二人能制造、驾驶也，欲广其传使中国才艺日进，制造、驾驶展转授受，传习无穷耳。”可见，左宗棠在设厂造船的洋务活动中坚持的是以我为主、为我所用的原则。正是在左宗棠的坚持和倡导下，清廷批准了在福州设厂造船的计划，这对实现清军水师装备近代化具有重大意义。左宗棠还亲自拟定了福建船政的建设规划——《创设船政章程》，并推荐沈葆桢为首任船政大臣，从而为福建船政事业的发展奠定了重要的基础。

首倡台湾设防，海防、塞防并重

台湾虽然地处东南一隅且孤悬海外，但其战略地位十分重要。在清廷沿海防务的议论中，左宗棠较早提出了在台湾设防的思想。1863年，他升任闽浙总督时，就指出台湾的战略地位十分重要，“台湾一郡，为闽省外郛，譬犹锁钥，台郡为锁，澎湖、厦门为钥”。1866年，他又在一份奏折中强调：“台湾，海疆门户，远隔重洋，为全省安危所系。”为了加强台湾防务，左宗棠认为：首先必须选派“严操守，勤访治，孜孜奉公，不敢暇逸”的地方官员出任台湾道、镇，以整顿吏治和军政；其次应恢复三年更戍的“班兵”旧制，台湾驻军定期换防，以提高军队的战斗力，并且要裁汰冗费，整顿水师；第三，开发台湾经济，“弛垦荒之令”，“社立仓，广谋储积”，“为东南奠此岩疆”。

左宗棠对台湾防务的规划，由于他改任陕甘总督而未能真正实施，但却为后来沈葆桢、丁日昌、刘铭传办理台防提供了借鉴。中法战争后，左宗棠于1885年6月上奏朝廷，强调台湾“孤峙大洋，为七省门户，关系全局，请移福建巡抚驻台湾，以资镇摄”，“所有台、澎一切应办事宜，概归该抚经理，事有专责，于台防善后大有裨益”。不久，这一建议终于实现，清廷决定在台湾建省，而左宗棠却未能亲眼看到台湾建省。在近代中国，左宗棠是较早对台湾战略地位有充分认识的先驱，他提出了在台湾设防的积极主张，并推动了这一主张的实施，对维护国家主权的统一和完整做出了不可磨灭的历史贡献。