1519年1月12日，巴尔沃亚与其他四个同伴一起被拉上了断头台。

巴尔沃亚回到圣玛丽亚后，立即派人去西班牙，向国王报告这一新的发现，并把这次远征获得的黄金和珍珠的五分之一献给国王。这些消息和赠品为他赢得了王室的好感，减轻了恩西索给他制造的坏名声。巴尔沃亚本希望国王任命他为达连地区总督，但国王已将这个职位授予了自己的私人好友、塞哥维亚人佩德拉利亚斯。但为奖赏巴尔沃亚，国王决定任命他为南海司令和巴拿马与科因巴省总督，归佩德拉利亚斯管辖。

1514年7月底，佩德拉利亚斯在一千五百名全副武装的殖民军的簇拥下，抵达达连地区，接管了这块殖民地。这批新来的殖民者个个身穿上等丝绸和天鹅绒的外衣，与穿着简陋棉布衫和草鞋的首批殖民者形成了鲜明的对比。巴尔沃亚对新来的总督十分友善。然而，佩德拉利亚斯是一个为人尖刻、心狠毒辣的老家伙，他对巴尔沃亚的发现成就以及在当地的威望十分嫉妒，曾下令逮捕巴尔沃亚，将他锁在囚笼里长达两个月之久。

后来，国王费迪南德去世佩德拉利亚斯赶忙与巴尔沃亚和好，以防新国王支持巴尔沃亚。同时，佩德拉利亚斯代表他在西班牙的女儿宣布她将要嫁给巴尔沃亚。于是，二人之间出现了暂时的和睦。

巴尔沃亚继续进行探险和征服。在1517年和1518年间，他在圣米格尔湾一个叫阿克拉的地方建立了据点，然后指挥部下伐木造船，四出勘查。他们发现了珍珠岛，并探索了巴拿马西海岸。佩德拉利亚斯则耐心地扶植自己的势力，直到风闻他将被新总督索萨所取代。

这个卑鄙小人毫不犹豫地下了毒手。他将巴尔沃亚招回并逮捕，指控他背叛国王、反对总督及滥用权力，残酷对待印第安人。很多人对此都非常吃惊，法官及当地主教都不希望流血，纷纷要求赦免巴尔沃亚，但佩德拉利亚斯连巴尔沃亚向西班牙国王申诉的机会都不给（这是所有被指控者的权利），一定要将其置之死地而后快。1519年1月12日，巴尔沃亚与其他四个同伴一起被拉上了断头台。他们的脑袋被留在广场示众，身子则被扔去喂秃鹰。

巴尔沃亚被历史学家认为是新大陆最伟大的征服者之一，不仅仅是因为他是一个杰出的领导者及探险家，还因为他对印第安人有着少有的尊敬，从不滥杀无辜。大部分历史学家认为如果是巴尔沃亚发现了印加帝国，当地人便不会遭到大屠杀，印加文明也许就不会覆灭。