恩西索率领的探险队本来是要去找奥赫达的，但是到达目的地后没有找到他，而西班牙人原来的营地已经被印第安人彻底摧毁。巴尔沃亚于是提议前往达连地区(今巴拿马与哥伦比亚边界一带)，他表示自己对那一带的情况很熟悉。恩西索采纳了他的建议，命船队向巴拿马方向开去。探险队抵达达连地区后建立了一个据点，命名为圣玛丽亚—德尔安提瓜—德尔达连，即今天的达连市。这是欧洲人在新大陆建立的第一个永久性殖民地。

1511年， 巴尔沃亚被西班牙国王正式任命为达连的临时总督和军事指挥官。他很快就以实际行动证明自己是一个能干的统治者，同作为探险家一样出色。

恩西索是富有而博学的法学博士，但对于领导一个新殖民地，他显得不称职。而巴尔沃亚由于有熟悉这一地区的优势，再加上精明能干，因此在远征队中威望大增，很快就掌握了实权。不久，殖民者之间爆发冲突，巴尔沃亚取得了胜利，并把恩西索押起来遣回西班牙，自己则占据圣玛丽亚的最高职位。他还写信给国王斐迪南一世，请求道：“除了医务人员以外，请不要委派法学博士或任何其他人来这儿……因为来到这儿的律师没有一个不是恶棍。”1511年， 巴尔沃亚被西班牙国王正式任命为达连的临时总督和军事指挥官。他很快就以实际行动证明自己是一个能干的统治者，同作为探险家一样出色。

虽然巴尔沃亚也是使用武力征服印第安人部落的，但他却不象当时绝大多数殖民者那样残暴。他援助当地酋长科马科作战，并娶科马科的一个女儿为妻，从而安抚了当地的印第安人。一次，巴尔沃亚等人随科马科酋长到一个印第安部落进行视察，受到这个部落的酋长和他的七个儿子的盛宴招待，在他们面前，摆满了烟熏鹿肉，还有许多装满啤酒、白葡萄酒的金杯。那个酋长非常好客，还邀请他们去参观自家的祖祠。这伙西班牙人被亲眼所见的奇异景象所震慑了——祖祠大厅的屋梁上悬吊着一具具用火烤干的已故酋长们的尸体。这些尸体都蒙着金子制成的面具，穿着缀满珍珠的精美服装。尽管这场面极其恐怖，贪婪的西班牙人却津津有味地议论着这些珍宝的价值。酋长知道这伙冒险家极为贪婪，便主动赠送他们一些黄金首饰。巴拿马的印第安人的黄金工艺品，制作极其精巧，通常制成动物形状的项链、手镯或鼻环。酋长亲眼看见：这伙西班牙人一拿到这些工艺品，当场便将其熔化成金条，并用天平来平分。可能是出于摆脱这伙西班牙殖民者的目的，酋长告诉巴尔沃亚，在山那边有一个铺满金子和珍珠的海岸。

关于此事，还有另外一种说法。有一天，西班牙人征服了阿特腊托河地区的一个印第安人部落，得到400盎司黄金。这些贪得无厌的征服者为分配这些黄金争吵起来。印第安人酋长的儿子潘基亚科对此非常气愤。他把黄金扔到地上对西班牙人说：“如果你们离开自己的土地来到这里的目的就是黄金的话，那我告诉你们，到南边去！在那里你们可以得到很多黄金。”他告诉他们，南面有个大海，还有个“黄金之国”（指的是秘鲁）——在那里连吃饭喝水的碗都是金子做的。在场的所有西班牙人都张大了嘴巴，他们的眼睛闪烁着炽热的光芒。哥伦布航海的目的就是要找一条由大西洋到达印度的道路，只是被新世界挡住了道路。但是他本人和后来者都相信，他们离印度已经很近了，只要能越过眼前陆地的障碍。而现在，这些西班牙人听到，他们和那个黄金之国只有几座山和一个海的距离！

巴尔沃亚欣喜若狂，立即派人回圣多明各，要求派人前来增援。可是等了很久，圣多明各的援兵未到，却传来了使巴尔沃亚不安的消息：恩西索回到西班牙后，通过有势力的朋友，在国王面前告发了巴尔沃亚，宫廷里的人都同情恩西索。巴尔沃亚明白，他现在必须要做出点令人震惊的事情了。

“巴尔沃亚双膝下跪，感谢上帝让他发现了那片大海……”