1958年，除海洋系外，山东大学大部分迁往济南。1959年春，国家批准在海洋系的基础上建立我国唯一的海洋专科高等院校----山东海洋学院(现在的中国海洋大学)，赫崇本任教务长。学院诞生之初，面临着师资、教学设备、教材等许多困难。60年代，赫崇本亲临清华、北大选才。当他得知陕西工业大学有一位搞水利工程的专家适合从事海洋工程研究，便三下西安请贤，几经周折终于将其请到海洋学院。这位专家就是80年代为开发黄河口、建设石臼港等工程作出重要贡献的侯国本教授。在请贤的同时，赫崇本又注意培养自己的教授、副教授和讲师。他同时承担着繁重的教学任务，组织、充实、培养师资队伍，兴建实验室，购置仪器图书。为了建立海洋系、建立海洋学院，他默默地奉献着自己的一切。

赫崇本一直有一个坚定的信念：在海洋科学领域里中国人同样可以做出成绩。正是这个信念，使他矢志不渝地拼命工作。他响应李四光、竺可桢、童第周、赵九章等先生的倡议，参与制订了我国第一个海洋学规划，使我国的海洋科学从此在国家计划下健康地发展。

一个培养海洋科技工作者的大学，若不开展海洋调查，就无法亲手掌握大量准确的数据，无法开展理论研究和教学，无法为开展海洋科学研究提供科学可靠的依据。而要开展海洋调查，必须要有科学考察船。为了实现造船的愿望，他北上北京向教育部请示汇报，又几度南下到造船厂实地考察。为了建造2500吨级的科学考查船，教育部专门拨款800万元人民币。当时国家正处于经济困难时期，800万元不是一个小数目。对此事，赫崇本一直刻骨铭心。

在筹建考查船的过程中，赫崇本既要统盘运筹，又要具体负责。有时一年在外几个月，同时还要挂念校内之事。他就是这样一个人，决定干的事可以豁出命去干，还总嫌不够。他常风趣地说：“我能有孙悟空的本事就好了，毫毛一吹变出若干个人，也就不至于如此为难了。”

人生低谷

赫崇本并未料到“四清”运动的飓风会把他卷进“特务”的冷宫。随之而来的“文化大革命”又在一夜之间将这位全身心扑在新中国海洋事业上的教授定为“反动学术权威”。

出于对祖国和科学事业的忧虑，他病倒了。冠心病、脑血栓、半身不遂等病魔不断地向他袭来，他长期卧床，不要说做学问，眼下就连性命也难以保全了。此时，他的妻子也倒在病榻上。几年后，妻子早他离开了人世。

一艘船经过漫长的航海到达彼岸后，当查阅其航海日志时，或许会有意外减速或间歇的一些不快记事。在赫崇本献身的科学事业中，他也会遇到许多不得不停止工作的时候。当政治运动的风雨荡涤着每一个人的灵魂时，赫崇本也曾多次冷静下来，回忆和反思自己走过的人生道路。在这条充满荆棘和坎坷的路上，他也有过意外停歇的不快。这些不快同他的成功一样，过后便在记忆中消失了。他从未想过，这些成功和不快要记下来，以备将来让人去宣传或是向谁去交待什么。“我就是赫崇本，赫崇本就是我，一盆清水望到底。”他认为，淡薄功名是中国知识分子的本色。

“人生不是一支短短的蜡烛，而是一支由我们暂时拿着的火炬；我们一定要把它燃得光明灿烂，然后交给下一代的人们”，赫崇本是这样说的。他正是把自己当成拿着科学火炬的人，因此义无反顾地选择了教育作为终生的事业。

桃李芬芳

沉舟侧畔千帆过，病树前头万木春。

1976年10月，祖国进入了新时代，迎来了科学的春天。在科学的春天里，赫崇本的身体开始逐渐好转。1978年，他出席全国科学大会，亲耳聆听了中央领导同志关于科学技术是生产力，知识分子是工人阶级一部分的论述。在传达科学大会精神时他当众表示，甘愿做一粒铺路的石子。