我只能这样评价自己；在航海中，出于对调查研究的纯粹爱好和给自然科学众多的事实再加上几个事实的强烈愿望。我全力以赶地工作。但是我也同样雄心勃勃地要在科学家中间占据一个相当的地位——至于我是否比我的大多数同行更有野心，那我就不得而知了。”

“贝格尔”号依照计划进行环球航行却并不总是径直向前行驶。在3年多的时间里，他们考察了名不见经传的阿根廷和智利海岸，夏天在靠近火地岛的南半球工作；冬天引退到北半球的温暖水域。达尔文多次游览包括火地岛和福兰克群岛的许多地方。由于“贝格尔”号经常在某些港口停靠，当军舰沿着海岸来回游弋时，达尔文常常能够在陆上逗留几周，甚至几个月的时间。登岸后，达尔文进行了规模庞大的陆上旅行。当“贝格尔”号在南美洲东部沿岸停靠时，达尔文骑马横穿阿根廷辽阔无边的大草原，行程600英里（约合960千米）。后来军舰在南美洲西海岸考察时，达尔文还独自一人横跨安第斯山脉并且安全返回，对于这次壮举达尔文却称之为“一次愉快的野外散步”。

1832年2月，“贝格尔”号抵达巴西，继续向南航行前，在此处逗留了4个月。与地球上其他任何地方相比，热带雨林拥有多得多的动植物品种。进人巴西热带雨林探险时，达尔文欣喜若狂。他在日记中写道：“高兴只是一个虚弱、没有活力的字眼，不足以表达一名博物学家独自一人踏进巴西热带雨林时的强烈感受。”痴迷地凝视着周围的一切，达尔文感到自己好像一个盲人突然获得了光明。

“贝格尔”号航海图

热带雨林丰富多彩的生命令人头晕目眩：短短一天内达尔文捕捉了68种甲虫；还有一次在早上散步的时间里，他射死了80多只品种不同的鸟儿（少年达尔文曾是一名疯狂的打猎爱好者，最终放弃这一爱好的原因是，与深沉的思考相比，打猎无法提供更多的乐趣）。在林间路上，他亲眼目睹一大队浩浩荡荡的蚂蚁，所过之处，风卷残云，一无所剩，令人胆寒。他测量参天巨树粗大的树干，尽情体验观察雨蛙能否爬上玻璃板的快乐。达尔文的注意力不时从鹦鹉转移到棕榈，从甲虫转移到兰花。在给亨斯洛的信中，他描述了自己的一种新激情，“我目前疯狂地痴迷蜘蛛”。在给姐姐卡洛琳的信中，他兴奋地叙述了自己在观察新物种时“难以言传的悭吝鬼般的狂喜”。达尔文收集的大部分物种，对于当时的科学来说都是未知的，这些动植物标本被整理得井井有条，船运给亨斯洛。

“贝格尔”号下一个阶段的使命是驶往阿根廷。狂风呼啸的平原和荒凉泥泞的海岸显然无法与多姿多彩的巴西雨林相比，但它们对达尔文也有无穷的魅力。在一个名叫彭塔阿尔塔的地方，他发现一些古老的骨头埋藏在一片沙砾和淤泥之中，便开始用鹤嘴锄挖掘起来。成果喜人，出土了一大批科学上未知的久已绝迹的古生物化石：犰狳、巨树獭。一只样子像河马的箭齿兽、一头早已灭绝的南美象和其他一些动物。达尔文把阿根廷的这些平原叫做“灭绝已久的四足动物的巨大坟墓”。他意识到，这些发现将有助于科学家拼画出地球遥远过去的图景，当时美洲“到处都是巨大的怪兽”。达尔文坚信，貘、树獭、犰狳以及南美野生羊驼这些生活在南美洲的现代动物，都源于同一种古代巨兽。达尔文开始苦思冥想这些物种之间的关系。他认识到“生活在同一大陆，已经绝迹的生物和仍在存活的生物之间的绝妙关系”，对于理解物种如何出现，如何消亡将带来新的希望之光。

达尔文发表的重新组合的陆上巨树獭骨骼草图，它是达尔文从阿根廷平原发掘的众多灭绝动物之一。