1962年1月，马忠全接到命令，任北海舰队副司令员兼旅顺基地司令员。旅顺是我国东北及整个辽东半岛的国防要地，旅顺口与庙岛列岛及山东半岛蓬莱角共扼渤海海峡，构成保卫东北重工业基地、保卫华北、保卫华东、保卫首都北京的天然屏障。旅顺港还是世界闻名的天然良港，隐蔽险要，终年不冻，是我国的北大门，战略位置十分重要。

这是党的信任，祖国的重托。

1969年8月，马忠全被任命为海军北海舰队司令员。离开旅顺前，他念念不忘的是部队战备工程、装备建设和战斗力建设，念念不忘的是部队稳定。他对继任基地司令员孙亮平交代了一遍又一遍，嘱咐他一定要稳定部队，抓好训练，放手大胆地工作。

1973年7月，马忠全被任命为海军副司令员兼北海舰队司令员。他肩上的担子更重了，他犹如耸立在大海中的一块磐石，任凭风云变幻，浪拍涛打，“为了反对帝国主义的侵略，我们一定要建立强大的海军”的信念始终不动摇。

1995年7月30日，马忠全——这位从大别山走出来的放牛娃、经过二万五千里长征的红军少年、太行山上的抗日英雄、解放战场上骁勇善战的虎将、人民海军的副司令员，面含微笑，沉沉睡去。