伊朗方面却否认试图为真主党供应武器。伊朗外长穆塔基说：“这些报道都是伪造的。这条船从叙利亚出发前往伊朗，船上是叙利亚的商品而非武器。”但是以色列表示，他们的情报机构在船离港之前好几天就已经开始对其进行监视。这条船在以色列海岸之外通过地中海时被截获，截获地点离以色列领海还很远。“佛郎哥普”号的船员对船上的武器一无所知，这些武器都被藏在装有农业产品的袋子里。船长是波兰人，以色列海军劫持这条船时，他并没有反抗。以色列军方在一份声明中说：“联合国安理会第1747号和1701号决议明令禁止伊朗出口或者贩卖任何武器，我们昨天晚上发现的武器严重违反了安理会的决议。”

以色列政府强调，如果外交努力不能解决伊朗核问题，就要对其采取军事打击。

以色列国防部长巴拉克向该国各个部的部长介绍了这一事件，他和以色列总理内塔尼亚胡都祝贺以色列安全部队的这次斩获。以色列总统佩雷斯说，这一事实表明，伊朗仍然在通过叙利亚向真主党运送武器。最近，他在参观以色列和美国空军的联合演习时说：“叙利亚和伊朗说的是一套，做的是另一套，现在全世界都是目击证人。”他表示：“伊朗和叙利亚都经常为恐怖组织提供武器，首先是真主党，然后又是哈马斯。”德国媒体报道，这条船属于德国格尔德巴特尔斯船运公司。但是该公司一位发言人称，他们不知道船上有武器，因为这条船已经租给了一家塞普路斯公司。

11月5日，以色列呼吁国际社会将焦点对准黎巴嫩真主党的主要支持者——伊朗。据美联社报道，以色列总理内塔尼亚胡5日针对联合国大会通过加沙战争报告一事表示，伊朗通过向真主党走私大量武器、屠杀平民，才是真正的战争犯罪。内塔尼亚胡表示：“联合国应就此召开特别大会。”同日，以色列驻联合国大使沙莱夫敦促联合国对此次军火船事件进行深入调查，并“采取适当措施”。以色列声称，这些武器来自伊朗，并有文件证明这艘军火船是从伊朗的港口出发的。但是以色列没有公开这份文件，也没有提供武器的接货人是真主党的证据。

巴勒斯坦领导人认为，以色列妄图通过炒作军火船事件，转移定居点问题以及加沙战争罪行的焦点。黎巴嫩真主党坚决否认“以色列所截获的军火船在给他们运送武器”的指控。同时，真主党还对以色列在公海上的“海盗行径”进行了谴责。11月4日，当时正在伊朗访问的叙利亚外长瓦利德•穆阿利姆在他与伊朗外长马努切赫尔•穆塔基共同举行的记者招待会上表示，这艘以军截扣的货船上并未运载军火，以色列媒体的报道失实。穆阿利姆表示，相关货船上既无武器，也无制造武器所需的设备；事实上，船上装载的是叙利亚制造的“消费品”，始发地和目的地也不是从伊朗至黎巴嫩，而是从叙利亚到伊朗。穆塔基则表示，伊朗和叙利亚共同致力于实现本地区的稳定，并尊重所有邻国的国家主权。

自以色列对加沙地带开展“铸铅行动”以来，以色列海军和空军在地中海和红海进行日常大规模巡逻，以防止哈马斯和真主党武装通过海上运输获得武器。以海军军舰还前往苏伊士运河进行巡逻。自2006年夏天以色列军队和黎巴嫩真主党武装爆发激烈冲突以来，以黎边境基本平静。不过，以色列从未放松过对黎真主党武装的警惕。以色列曾表示：有证据表明，黎真主党武装正在大量获取武器装备，仅火箭弹一项就已经储备了4万多枚。

以色列强调对伊朗进行军事打击并不是开玩笑。本来伊朗核问题就让以色列头疼，这次又缴获运送武器的商船，令以色列极其恼怒。因此，以色列政府强调，如果外交努力不能解决伊朗核问题，就要对其采取军事打击。11月8日，以色列外交部副部长阿亚隆在接受美国媒体采访时说，为使伊朗彻底放弃核计划，以色列要对伊朗的战略目标进行军事打击。“这绝不是开玩笑，而是认真的。”阿亚隆表示，伊朗方面一直在撒谎、玩弄手段、欺骗国际社会以拖延时间。以色列《晚报》报道说，据以色列专家披露的信息，以色列军队已经制定了军事打击伊朗的行动计划，随时都可以实施。