同时，中途岛攻击即将开始，北边阿留申群岛行动的北部部队将攻击阿留申群岛。第2航母打击部队将攻击岛链东端的荷兰港，而一支2500人的部队将占领西阿留申群岛。日军计划人员相信这种牵制行动的成功将阻止美军从荷兰港到海参崴的往返轰炸，以防苏联参加反日战争。而且，日本可能有朝一日还要利用该岛作为基地轰炸美国大陆。

美国情报行动

乍一看，山本五十六制定的计划好像天衣无缝，但日军不知道美海军密码专家在1942年春就已破解日本海军的行动代号“JN-25”，而且正在研究内容不完整的日本无线电报。早期最为重要的解密之一显示了日军在南太平洋行动的关键情报：3艘航母和1支登陆部队正在驶向珊瑚海区。

空中侦察在1942年6月4日晨发挥了至关重要的作用。雷蒙德·斯普鲁恩斯少将（左）在5点52分知道日本航母的位置，而南云忠一中将（右） 到8点20分才知道美国航母已然近在咫尺。

该行动是日本隔离澳大利亚战略的组成部分，其目的是夺取盟军驻新几内亚的莫尔斯比港基地。接着在5月4～8 日发生的珊瑚海海战是日本取得的一次战术胜利，其舰载机击沉了美海军“列克星敦”号（CV-2）并重创“约克城”号航母（CV-5），而日本海军仅损失了“祥凤”号轻型航母。然而，事实上它却是日军战略上的战败，被迫放弃了莫尔斯比港行动。虽然“翔鹤”号和“瑞鹤”号航母没被击沉，但前者已被损坏而后者的舰载航空大队已损失殆尽。它们已经暂时退出战斗，难以参加中途岛行动。

珍珠港的密码破译人员此时已经获悉日军即将开始大规模攻击中太平洋，但却确定不了目标在那里。日军截击机越来越频繁地谈到可能的攻击位置“AF”，到底“AF”在哪里呢？美海军战斗情报大队主任约瑟夫·罗奇福特中校猜测是中途岛，这与太平洋舰队司令切斯特·尼米兹上将的猜测不谋而合。尼米兹上将5月2日视察了中途岛环礁防御情况。为了驱散疑云，罗奇福特中校设了个圈套。驻守中途岛的指挥官5月中旬得到指示发明报说：中途岛上制淡水机坏了，供水正在减少。电报发出不久，海军截获日本一份加密电报说“AF”供水正在减少。目标被证实。现在有了确切情报，尼米兹上将调遣陆战队、高射炮和飞机大力增强了中途岛的防卫。

太平洋舰队准备

因为美海军“列克星敦”号航母在珊瑚海海战中已被击沉而“约克城”号严重受损，尼米兹上将现在只剩“企业”号（CV-6）和“大黄蜂”号两艘航母可用，“萨拉托加”号航母（CV-3）还不能从西海岸按时到达参加即将开始的战斗。然而，美国人幸运的是日军在轰炸珍珠港时没有注意到较大目标。除没炸坏油库外，他们也没炸毁干船坞。日军认为已击沉的“约克城”号航母5月28日漂入第1号干船坞并很快爬满了修理人员。它第二天随着修理工作继续进行轻松地进入泊位，只三天后就回返海上。有一种估计是“约克城”号要花3个月才能恢复常态，但出现了令人惊异的奇迹：修理人员只用了3天便使它恢复使用状态。

战斗迫在眉睫，尼米兹上将已将其部队分为两个特混舰队。威廉·哈尔西中将率领的第16特混舰队（包括“企业”号和“大黄蜂”号航母）已于5月26日到达珍珠港。哈尔西中将却在千钧一发之际突发严重皮疹住进了医院。雷蒙德·斯普鲁恩斯少将接任第16特混舰队司令。美国驻珊瑚海部队司令弗兰克·弗莱彻上将指挥只包括“约克城”号1艘航母的第17特混舰队。作为高级将官，弗莱彻上将还负责对两个航母打击大队的作战指挥。尼米兹上将已经注意到日军对阿留申群岛的威胁，所以早已命令罗伯特·西奥博尔德少将指挥的第8特混部队到北方集结。

“约克城”号航母正在珍珠港修理时，尼米兹上将召集司令们对他们的战斗计划进行最后审查。海军情报已给太平洋舰队司令提供十分精确的日军中途岛部队战斗序列图和作战意图。日军第1航母打击部队从西北方向接近中途岛环礁。美军的主要目标是出奇制胜。美海军航母在环礁东北方向325海里代号为“幸运角”的地点会合而不是部署到正在逼近的日军与中途岛之间。接着，它们将先敌开火，从侧翼打击日军。

第16和17特混舰队分别于5月28日和5月30日离开珍珠港。美国人幸运的是日军潜艇计划6月1日才到位警戒美国太平洋舰队向中途岛运动，但为时已晚。最后的潜艇6月3日才到达阵位，这天第2航母打击部队已通过轰炸荷兰港开始阿留申群岛行动。而美海军航母到那时已在幸运角隐蔽会合。