徐福首航自琅玡出发，是航至朝鲜，而后经对马到达九州的渡对马海峡时，可能遇见《史记•封禅书》上所说的“患且至，则船风引而去”的横漂。这就是出现春秋以来对“三神山”的种种神秘传说的地方。所以徐福首次出航完全是探险行为。徐福之船偶然到达了“神山”——发现了日本，遂有第二次航行之举。

徐福二次东渡发自何港，众说不一。徐福村人相传，是于农历十月十九日从故乡赣榆下海，还有人说是从崂山出发。但可能仍以琅玡下海。近年在日本福冈县板付地方的考古遗址中，发现有炭化米粒遗存，与在朝鲜釜山金海地区所见的炭化米乃为同一类型。另外，从《史记•淮南衡山列传》中得知，徐福二次航海时，诈称仙人索取“百工之事”，“资之五谷种种百工而行”。从中可见，稻米东传，当在徐福第二次航行中。为此，二次航海，有可能走的还是上次的旧航路。

徐福在探险中到达日本，竟促成一代“弥生文化”的诞生。为此，他在日本人民的心目中，历来就有“农神”、“医神”之称。日本学者中村新太郎著文，盛赞中国稻米传入日本的重大意义。他说稻米“拯救了日本列岛饥饿的人们……无论如何，稻米要比其他一切更值得感谢。米与牲畜、贝类不同，可以长久贮藏。不久村落集成了国家”。这是说，稻米传去，结束了日本一代的渔猎生活，开始了农耕。徐福东渡，也把中国的丝织技术传去。织绸的秦人受到欢迎，这些人在日本通以“秦”字为姓。

直到现在，日本还有徐福登陆地点就在佐贺县的说法。新宫还有徐福墓，更有1071个字的墓碑。此碑是后人立的，当时日本还无文字。墓旁以往有售“徐福寿司”、“徐福酒”者。新宫市内更有售“徐福天台乌药”的。在速玉神社内，陈列有徐福所有的鞍、蹬等物。新宫蓬莱山内，有徐福神龛，称为“徐福之宫”；每年有“御船祭”、“灯祭”。传说更有500年一度的“徐福大祭”。据统计，在日本徐福遗迹不下50处。