解决了水下文物的归属问题后，最重要的问题就是如何发掘、保护和打捞。对于不可移动文物，如水下建筑、石刻等，应当设立水下文物保护单位和水下文物保护区，实行原址保护制度。在水下文物保护单位和水下文物保护区内，禁止进行危及水下文物安全的捕捞、爆破等活动。经过专家论证，将“南海Ⅰ号”整体打捞并整体保存，有利于对其进行保护和研究。《水下文物保护管理条例》明确规定“水下文物的考古勘探和发掘活动应当以文物保护和科学研究为目的”（第七条），所以，打捞“南海Ⅰ号”不能以商业性开发为目的。猜测“南海Ⅰ号”出水的“宝藏”能值多少钱，实在有误导的嫌疑。

“南海Ⅰ号”及其他水下文物的打捞，除了要执行我国有关文物发掘的程序行和技术性的要求外，还有遵守我国有关法律规定。《水下文物保护管理条例》要求，任何单位或者个人实施水下文物考古勘探或者发掘活动时，必须遵守中国其他有关法律、法规，接受有关部门的管理；遵守水下考古、潜水、航行等规程，确保人员和水下文物的安全；防止水体的环境污染，保护水下生物资源和其他自然资源不受损害；保护水面、水下的一切设施；不得妨碍交通运输、渔业生产、军事训练以及其他正常的水面、水下作业活动。从目前的几个网上的专题报导中，我们了解不到有关部门执行这些规定的情况。唯一可以肯定的是，广东海事局于2007年4月29日发布了航行通告粤航通［2007］013号，从中了解到打捞作业水域为21°30′N、112° 22′ E附近，作业时间为2007年5月4日至2007年8月25日。这一水域位于我国领海基线以内的内水，作业时间超过三个月。依据2002年1月1日生效的《海域使用管理法》的有关规定，调查、打捞“南海Ⅰ号”，应当办理办理海域使用证或临时海域使用证。此外，我国刑法对破坏水下文物，私自勘探、发掘、打捞水下文物，或者隐匿、私分、贩运、非法出售、非法出口水下文物，规定相应的刑事责任。

以上谈及的都是我国国内法律法规的有关规定。水下文物，尤其是海底文物的保护和利用问题，还应当执行有关国际法的要求。前面所说的内水、领海、专属经济区、大陆架和国际海底区域（以下简称“区域”），都是依据国际海洋法划分的法律地位不同的海域。1982年的《联合国海洋法公约》与海底文物有关的规定只有两条，即第149条和第303条。这两条规定是当时仅有的关于水下文化遗产专门保护的成文国际法律规范，确立了“全人类的利益”保护“区域”内文化遗产的理念和原则，规定了各国合作保护水下文物的法律义务，同时也存在着严重的缺陷和不足，如它们水下文物的所有权问题、默认商业行到老的合法性，也没有对专属经济区和大陆架上的水下文物的保护作出规定。

2001年11月2日联合国教科文组织通过了《保护水下文化遗产公约》（以下简称《公约》），在得到20个国家的批准、接受或加入后将正式生效。毫无疑问，生效后的《公约》将成为关于水下文物保护的最基本的国际条约。《公约》明确了一系列关于水下文物保护的基本原则，如保护公共利益、就地保护、禁止商业性开发、国际合作、适当保护和尊重国际法现状等，许多原则和规定与我国的有关制度有异曲同工之处。如果我国批准该《公约》，将有利于推进我国水下文化遗产保护制度的发展和完善；可以在人员培训、信息共享、技术和财政等方面获得一定的国际支持；并对其他国家管辖海域内以及“区域”内“起源于中国的”水下文化遗产提出一定的权利主张。但是《公约》仅规定了管辖权制度而没有设立所有权制度，在中国管辖海域以外的其他海域、起源于中国的水下文化遗产，中国对其享有的所有权将受到严重的限制，甚至会因各沿海国的管辖和国际社会的共同管辖而在实质上被剥夺。如果我国联合其他历史悠久、沉船沉物等水下文化遗产众多的文物大国（如埃及、印度、意大利等）共同提出相关修正案，对《公约》进行适当修改后在批准加入，则是最为理想的结果。